Sekolah merupakan salah satu wahana efektif untuk internalisasi pendidikan karakter terhadap siswa.
Pengembangan karakter di SDK Santo Bavo dibagi dalam empat pilar, yaitu sebagai berikut.
a) Kegiatan Belajar Mengajar di Kelas
Kegiatan belajar mengajar di kelas dilaksanakan dengan menggunakan pendekatan terintegrasi dalam semua mata pelajaran.
b) Kegiatan Keseharian dalam Bentuk Pengembangan Budaya di Sekolah
Lingkungan sekolah perlu dikondisikan agar lingkungan fisik dan sosial kultural sekolah memungkinkan siswa dengan warga sekolah lainnya terbiasa membangun kegiatan keseharian yang mencerminkan pewujudan karakter yang dituju.
c) Kegiatan Kokurikuler dan Ekstrakurikuler
Dalam kegiatan kokurikuler (kegiatan belajar di luar kelas yang terkait langsung pada materi suatu satuan mata pelajaran) atau kegiatan ekstrakurikuler (kegiatan sekolah yang bersifat umum dan tidak terkait langsung pada suatu mata pelajaran. Kegiatan ekstrakurikuler dapat diselenggarakan melalui kegiatan olahraga dan seni dalam bentuk pembelajaran, pelatihan, kompetisi atau festival. Berbagai kegiatan olahraga dan seni tersebut diorientasikan terutama untuk penanaman dan pembentukan sikap, perilaku dan kepribadian agar menjadi manusia Indonesia yang berkarakter.
d) Kegiatan Keseharian di Rumah dan Masyarakat
Di lingkungan keluarga dan masyarakat diupayakan agar dapat terjadi proses penguatan dari orang tua serta tokoh masyarakat terhadap perilaku berkarakter mulia yang dikembangkan di sekolah.